Open Knowledge Maps – A visual interface to the world’s scientific knowledge | #Research #Science

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We are building a visual interface to the world’s scientific knowledge to change the way we discover research.

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de PAM: allez testez…

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Plateforme des connaissances sur l’agroécologie

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L’agroécologie consiste à appliquer des concepts et principes écologiques de manière à optimiser les interactions entre les végétaux, les animaux, les humains et l’environnement, sans oublier les aspects sociaux dont il convient de tenir compte pour que le système alimentaire soit durable et équitable. En créant des synergies, l’agroécologie peut non seulement contribuer à la production alimentaire, à la sécurité alimentaire et à la nutrition, mais aussi permettre de restaurer les services écosystémiques et la biodiversité, qui sont essentiels à une agriculture durable. Elle peut jouer un rôle important dans le renforcement de la résilience et l’adaptation au changement climatique

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La biologie moléculaire secondée par… la synthèse musicale

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SYNTHÈSE MUSICALE. “Visualiser” la forme géométrique des protéines… avec ses oreilles, sous forme mélodique. Cette curieuse synesthésie scientifique n’est pas une blague, puisqu’une méthode similaire, consistant à convertir des données abstraites sous une forme sonore, avait déjà été déployée par des astrophysiciens afin de débusquer les ondes gravitationnelles. 

Pour les biologistes, c’est l’occasion de travailler différemment, car leur discipline matérialise souvent ses objets d’étude sous forme de graphes moléculaires complexes ou de représentations tridimensionnelles gigantesques difficiles à appréhender (au point que des initiatives collaboratives émergent pour faciliter leur étude, comme le jeu vidéo Fondit.

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Merci à BIOMA d’AgroSup Dijon (PAM)

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INRA – dictionnaire agroécologie

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L’agroécologie est un domaine qui connait une médiatisation très forte ces dernières années. Le terme d’’agroécologie est communément employé pour désigner un modèle agricole alternatif promouvant des systèmes alimentaires viables respectueux des hommes et de leur environnement. 

A la fois discipline scientifique, mouvement, ou encore un ensemble de pratiques agricoles, le domaine de l’agroécologie revêt de multiples dimensions. L’ambition du dictionnaire d’agroécologie est de mieux appréhender ces dimensions au travers de définitions de termes se rapportant à l’agroécologie : agrobiodiversité, polyculture-élevage, biocontrôle, agriculture intégrée, etc. 

Construit autour de vidéos, de définitions écrites, d’interviews, d’infographies et de références bibliographiques, ce dictionnaire se veut dynamique et accessible à un public large dont les acteurs du développement, enseignants, chercheurs, agriculteurs, … 

Le dictionnaire d’agroécologie a été réalisé à partir d’observations des réalités du terrain (dispositif de veille territoriale, voir encadré) et de l’expertise de scientifiques de différentes disciplines : agroécologie, agronomie, sciences de gestion, écopathologie, zootechnie, économie, sciences des organisations, géographie, sciences du sol, etc. 

Chaque définition est mise en débat entre scientifiques puis validée collectivement avant d’être mise en ligne. 

Le dictionnaire d’agroécologie a vocation aujourd’hui de s’ouvrir à d’autres territoires, d’autres acteurs, et d’autres scientifiques. Chacun peut d’ores et déjà proposer un nouveau terme ou commenter les termes déjà définis. 

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Les Instituts techniques agro-industriels, leurs expertises au service des entreprises | Alim’agri

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Les Instituts techniques agro-industriels (ITAI) sont des organismes de recherche technologique, d’expertise, d’assistance technique et de formation, au service des entreprises et en particulier des PME. Positionnés à la jonction du monde de la recherche, des entreprises et des organismes professionnels, ils jouent un rôle majeur dans la diffusion, le transfert et la valorisation des résultats de la recherche auprès des petites et moyennes entreprises.
Des instituts qui sont à votre service et compétents (PAM)

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Generation of genome-scale metabolic reconstructions for 773 members of the human gut microbiota : Nature Biotechnology : Nature Research

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Genome-scale metabolic models derived from human gut metagenomic data can be used as a framework to elucidate how microbial communities modulate human metabolism and health. We present AGORA (assembly of gut organisms through reconstruction and analysis), a resource of genome-scale metabolic reconstructions semi-automatically generated for 773 human gut bacteria. 

Using this resource, we identified a defined growth medium for Bacteroides caccae ATCC 34185. We also showed that interactions among modeled species depend on both the metabolic potential of each species and the nutrients available. 

AGORA reconstructions can integrate either metagenomic or 16S rRNA sequencing data sets to infer the metabolic diversity of microbial communities. 

AGORA reconstructions could provide a starting point for the generation of high-quality, manually curated metabolic reconstructions. 

AGORA is fully compatible with Recon 2, a comprehensive metabolic reconstruction of human metabolism, which will facilitate studies of host–microbiome interactions.

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Effet des microbes intestinaux sur les maladies oculaires graves

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Des bactéries intestinales auraient un rôle important à jouer pour déterminer si un sujet sera atteint de dégénérescence maculaire liée à l’âge, qui entraînera la perte de la vision. La dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA) est la première cause de cécité irréversible dans les pays industrialisés. En Amérique du Nord, plus de 10 millions de personnes en sont atteintes. Une étude dirigée par le Dr Przemyslaw (Mike) Sapieha, chercheur à l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont (CIUSSS de l’Est-de-l’Île-de-Montréal) et professeur à l’Université de Montréal, et publiée dans la revue EMBO Molecular Medicine a montré que les bactéries intestinales auraient un rôle important à jouer pour déterminer si un sujet sera atteint de DMLA de type humide, qui entraîne la perte de la vision.

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